Η οργανωτική διάρθρωση των υπηρεσιών της Αρχής, οι αρμοδιότητές τους, ο αριθμός προσωπικού κατά κατηγορία και ειδικότητα και διάφορα συναφή θέματα, καθορίζονται με τη με αριθμό 22/13/5.6.2026 απόφαση της ΕΕΕΠ «Έγκριση Οργανισμού Διάρθρωσης και Λειτουργίας Υπηρεσιακών Μονάδων της Επιτροπής Εποπτείας και Ελέγχου Παιγνίων (ΕΕΕΠ) και τροποποίηση της υπ’ αρ. 55/01.10.2024 (Β’ 5589) απόφασης της ΕΕΕΠ». 
Η διοικητική δομή της Αρχής είναι οργανωμένη σε Διευθύνσεις, Υποδιευθύνσεις και Τμήματα, ανάλογα με τον τομέα ευθύνης που διαχειρίζονται.
